مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی سیستان به عنوان قدیمی‌ترین و بزرگ‌ترین تشکل تحقیقاتی در منطقه بوده که از سال ۱۳۳۹ با عنوان اداره اصلاح و تهیه نهال و بذر تاسیس و از سال ۱۳۵۳ به عنوان مرکز تحقیقات کشاورزی فعالیت خود را ادامه داد و در سال ۱۳۸۳ به مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی سیستان ارتقاء یافت.به دلیل وجود شرایط اقلیمی پر تنش حاکم بر منطقه از جمله خشکی، شوری و گرما، این مرکز به عنوان یکی از سایت‌های اصلی بررسی تنش‌های محیطی در کشور می‌باشد.این مرکز در حال حاضر با ۵ بخش تحقیقاتی علوم زراعی-باغی، گیاهپزشکی، خاک و آب، فنی و مهندسی و جنگل و مرتع و آبخیزداری فعالیت می‌کند.با عنایت به اهداف ساماندهی ایستگاه‌های تحقیقاتی و اصلاح ساختار تشکیلاتی،در حال حاضر این مرکز دارای ۴ ایستگاه تحقیقاتی است که محل اجرای طرح‌ها و پروژه‌های تحقیقاتی می‌باشند.