مرکز تحقیقات کشاورزی استان مرکزی در سال ۱۳۶۲ رسماً با گرایشات کاری بخش‌های : خاک و آب، اصلاح و تهیه نهال و بذر و گیاه پزشکی موجودیت یافت و از سال ۱۳۸۲ با ادغام مرکز تحقیقات منابع طبیعی و امور دام جهاد سازندگی سابق، شامل بخشهای تخصصی: دامپروری، دامپزشکی، منابع طبیعی، آبخیزداری و اقتصادی و اجتماعی با نام «مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی استان مرکزی» در راستای اهداف خود مشغول به فعالیت می باشد. این مرکز در حال حاضر در برگیرنده ۷ بخش و ۲ واحد تحقیقاتی تخصصی و نیز واحد اطلاع رسانی و مدارک علمی می باشد. (پس از تصویب تأسیس شعبه ششم موسسه تحقیقات رازی در اراک بخش تحقیقات دامپزشکی در سال ۱۳۸۶ از این مرکز منفک و به آن مؤسسه ملحق گردید)، همچنین ۸ ایستگاه تحقیقاتی نیز بستر اجرای طرحهای تحقیقاتی را برای این مرکز فراهم نموده که ایستگاه تحقیقات گل و گیاهان زینتی محلات بصورت ملی و ۶ ایستگاه دیگر (ایستگاههای تحقیقات لوبیای خمین، منابع طبیعی مهندس یونسی (خسبیجان) ، انار ساوه ، گیاهان داروئی علی آباد، علوم دامی فدک، آبخوانداری خشکه رود ساوه و ایستگاه تحقیقاتی کشاورزی اراک) تحت پوشش بخشهای تحقیقاتی این مرکز می باشند.