پس از تأسيس مؤسسه تحقيقات فني مهندسي كشاورزي در سال ۱۳۶۹ ،  بخش تحقيقات فني و مهندسي كشاورزي خراسان رضوی در سال ۱۳۷۳ به عنوان يكي از بخش‏هاي تابعه آن موسسه، فعاليت تحقيقاتي خود را آغاز نمود. رسالت اصلي اين بخش ، ‌انجام تحقيقات بنيادي و كاربردي در زمينه هاي مهندسي كشاورزي مي‌باشد. گروههاي تخصصي زيرمجموعه بخش عبارتند  از:

 ۱- مهندسي آبياري و زهكشي

 ۲- مهندسي صنايع غذايي و فناوري پس از برداشت

 ۳- مهندسي مكانيك ماشينهاي كشاورزي و مكانيزاسيون