بخش تحقیقات فنی و مهندسی به‌عنوان یکی از بخش‌های تخصصی این مرکز و زیرمجموعه مؤسسه تحقیقات فنی و مهندسی کشاورزی، فعالیت پژوهشی خود را از سال ۱۳۷۲ آغاز کرد. این بخش در ابتدا با یک عضو هیئت علمی پایه‌گذاری شد و از همان سال اجرای طرح‌های تحقیقاتی کاربردی را در دستور کار قرار داد. امروزه این بخش با بهره‌گیری از سه عضو هیئت علمی و چهار کارشناس متخصص، در راستای ارتقای بهره‌وری و پایداری تولیدات کشاورزی، تحقیقات خود را در حوزه‌های مختلف مهندسی کشاورزی دنبال می‌کند.