بخش تحقیقات فنی و مهندسی این مرکز از سال ۱۳۸۱ فعالیت تحقیقاتی خود را آغاز کرد. زمینه کاری بخش عمدتاً با محوریت آبیاری تحت فشار، کارآیی مصرف آب، مشارکت آب بران، ارزیابی و بهینه سازی شبکه‌های آبیاری و زهکشی، طراحی، ساخت و ارزیابی ماشین های کشاورزی و تعیین شاخص ها و اثرات خشکسالی بوده است. فعالیت این بخش در سال ۱۳۹۴ به دلیل انتقال همکاران بخش متوقف و پس از آن بعنوان گروه در مرکز مشغول به فعالیت شده است. که در این دوره در زمینه مباحث انرژی، ایستگاه های پمپاژ آب کشاورزی، ارزیابی سامانه های آبیاری زیر سطحی و برآورد حجم آب مصرفی محصولات زراعی و باغی مشغول به انجام وظایف گشته است.