همکاري با نهادهاي مختلف علمي و اجرايي در سطح کشور و در جهت هم افزايي و بهره گيري بهتر از نيروهاي متخصص و امکانات موجود، همواره يکي از موارد مهم پيگيري شده توسط مؤسسه تحقيقات فني و مهندسي کشاورزي و کميته امور فناوري مؤسسه بوده است. در همين راستا، همکاري هاي سازنده اي با بخش هايي از بدنه علمي و اجرايي کشور تاکنون تعريف شده که منجر به امضاء و رد و بدل شدن تفاهم نامه همکاري گرديده است. اين همکاري ها خوشبختانه بسيار مؤثر و منشاء اثرگذاري مطلوب بوده که برخي از مهم ترين موارد قابل ذکر به تفکيک ستاد و بخش هاي تابعه استاني، در ادامه آمده است:
